Desa Rejoagung merupakan desa yang sebagian besar wilayahnya didominasi oleh dataran. yang mempunyai sejarah Rejo artinya harapan nenek moyang menjadi desa yang ramai, Agung yang bearti banyak air.

Desa Rejoagung merupakan daerah yang tidak memiliki penduduk asli karena ditilik dari cikal bakal pendirinya adalah para pendatang dari daerah Kertorejo dan Bongsorejo yaitu daerah di Mojowarno.

Perjalanan sejarah desa Rejoagung berawal pada tahun 1996 ketika 5 orang dari daerah tersebut mengadakan perjalanan mengadakan pengembaraan dalam usaha mencari pemukiman baru yang lebih baik sekaligus dalam usaha mengabarkan berita kesukaan dari tuhan. Dalam perjalanan mereka kea rah timur, singgah di desa Tanggul pada seorang kenalannya yang bernama R. Pramu Notodiharjo.

Dalam persinggahan di rumah R. Pramo Notodiharjo mereka menyampaikan maksud pengembaraannya dan dari pertemuan inilah mereka banyak mengenal keadaan desa Tanggul, sekaligus potensi yang ada di dalamnya, R. Pramu Natadiharja menyarankan mengadakan penelitian tentang potensi daerah Tanggul bagian selatan sekaligus membuka hutan di daerah tersebut sebagai tempat pemukiman sekaligus sebagai sumber mata pencaharian keluarga.

Setelah mereka melihat dari dekatdari dekat potensi masa depan wilayah Tanggul selatan lebih baik dibandingkan Tanggul utara, sepakat akan mengajukan permohonan kepada pemerintah yang berkuasa (Belanda) untuk diperkenankan membuka hutan sebagai tempat pemukiman baru.

Mereka mengadakan perjalanan kembali setelah menginap dua hari di Tanggul untuk selanjutnya menuju Bondowoso guna menghadap Pemerintah Wilayah (Gouvernuur Cendral) yang dijabat oleh Komisaris Vandel Spiekel. Maksud mereka mendapatkan tanggapan baik dari Komisaris Vandel Spiekel dengan syarat benar-benar digunakan sebagai tempat pemukiman dan harus membawa misi keagaman. Akhirnya mereka diperkenankan untuk mengadakat survey lokasi yang dimaksud dan berhasil mendapatkan ijin lisan sambil menunggu keputusan/ Surat Resmi dari Pemerintah penguasa. Surveyu kedua ini dilaksanakan selama 21 hari dan .memperoleh kesimpulan bahwa di daerah tersebut banyak terdapat genagn air sepanjang tahun dan yakin daerah tesebut menjajikan kemakmuran di masa mendatang. Sebagai ungkapan rasa bahagia mereka segera kembali ke daerah asal untuk memberikan kabar kepada keluarga masing-masing, sambil menunggu surat ijin resmi turun.

Pada tahun 1907 : Surat Keputusan ijin resmi diterima atas nama : Marwi Kertawirya, dengan luas hutan penebangan maksimal 1000 Ha. Akhirnya Keluarga Marwi Kertawirya dengan diikuti 6 Kepala Keluarga yang lain menuju daerah Tanggul sebelah selatan sekaligus menentukan batas-batas wilayahnya. Selanjutnya 7 Kepala Keluarga ini adalah merupakan cikal bakal Desa Rejoagung :

1. Bpk. INSAMUDRO DARMO
2. Bpk. MARWI KERTOWIRYO
3. Bpk. PURWO
4. Bpk. RUPINGI
5. Bpk. PRAMU SUWARDI
6. Bpk. PANDRI ALIAS PAK NASTITI
7. Bpk. PRAMI PLONTANG

Penebangan dimulai dari arah utara dan dipakai sebagai tempat menetap sementara (Darung : sekarang dusun darungan desa Sidomulyo)

Pada Tahun 1909 : Jumlah Kepala Keluarga berkembang menjadi 14 Kepala Kelurga. Kelompok masyarakat tersebut sepakat kelokasi yang lebih baik untuk pemukiman dan dekat dengan daerah penebangan (Lokasi sawah : milik P. Rengga b. Ratimin). Sehingga lokasi (darung) ditinggalkan dan sekarang disebut dusun darungan.

Pada Tahun 1910 : Jumlah Kepala Keluarga berkembang menjadi 22 KK. Pada tahun ini merekia sepakat mengadakan rapat/musyawarah untuk menentukan nama desa dan pemilihan Penatua Desa ( sekarang Kepala Desa). Dari hasil rembuk atau musyawarah tersebut disepakati :

-         Nama Desa adalah Rejoagung : Rejo= Ramai/banyak ; Agung = Air menggenang

-         Penatua Desa adalah : P. Riajeng (sebagai kepala desa pertama)

Pada Tahun 1911 : Penatua Desa dialihkan pada P. Pramuadi Suwardi (sebab-sebab kurang jelas).

Pada Tahun 1912 : Masyarakat Sejumlah 22 KK sepakat untuk mendirikan Gereja sebagai gereja pertama dan terletak di wilayah Rejoagung sebelah timur (sekarang RT 01 RW 1 Dusun Krajan) hingga sekarang menjadi tanah milik Gereja.

Pada Tahun 1913 : Pemilihan Petinggi (penatua/kepala desa /kepala pemerintah tertinggi di desa) dan petinggi terpilih adalah Jopas P. Pramuadi. Dalam masa pemerintahan Petinggi Jopas, diadakan rapat/musyawarah guna menyusun peraturan Desa dan diputuskan peraturan secara mufakat untuk diberlakukan dan dilestarikan bagi anak cucu/turun temurun yang isinya al :

1. Tanah desa merupakan warisan leluhur yang harus dijaga dan dipelihara. Oleh karena itu, tanah desa tidak diperbolehkan untuk dijual kepada pihak luar desa. Penjualan hanya diperbolehkan kepada anak atau cucu sebagai bagian dari pelestarian hak dan kearifan lokal masyarakat desa
2. Orang diluar agama Kristen tidak boleh ikut membuka hutan Desa Rejoagung, kecuali mereka ikut menyesuaikan diri dengan kebiasaan masyarakat Desa Rejoagung
3. Bilamana orang sudah menetap selama 5 tahun maka hak tanah akan di sahkan

Pada Tahun 1918/1919 : Berdirinya Sekolah Rakyat (SR) Zending.

Demikianlah sekilas Keterangan Sejarah Desa Rejoaguung dan untuk perkembangan selanjutnya Desa Rejoagung benar-benar menjadi Desa yang subur dan makmur, aman, damai sehingga membuat penduduk terus berdatangan untuk dapat menetap di Desa Rejoagung.